Le Corto Maltes Amazonia Lodge est situé sur la rive droite de la Madre de Dios River, à 10 km de la ville de Puerto Maldonado.

Cette région est considérée comme la Capitale Mondiale de la Biodiversité, en raison du nombre élevé d'espèces animales et végétales qui ont été répertoriés et étudiés par les botanistes et les amoureux de la nature. Trois sanctuaires convergent autour de cette ville: la Réserve de Biosphère de Manu, la Réserve Nationale de Tambopata et la Réserve Candamo Bahuaja Sonene.