El Lodge Corto Maltés Amazonía se encuentra en la margen derecha del río Madre de Dios, a 10 km de la ciudad de Puerto Maldonado.

Esta región es considerada la Capital Mundial de la Biodiversidad, debido al alto número de especies animales y vegetales que han sido catalogadas y estudiadas por los botánicos y amantes de la naturaleza. Tres santuarios convergen alrededor de esta ciudad: la Reserva de la Biosfera del Manu, la Reserva Nacional Tambopata Candamo y la Reserva Bahuaja Sonene.